Dżungla Lakandon to dom dla bogatej różnorodności fauny, w tym:
Ssaki: jaguary, pumy, oceloty, margaje, jaguarundy, dziewięciopasmowe pancerzne, peccary białobrzeszy, peccary karkowate, meksykańskie pająki, mroczki, kapucynki.
Ptaki: ara makao, kurasy wielkie, tukany wielkodziobe, tukany szmaragdowe, tangary różowogardłowe, tangary błękitno-złote, wróbki rudobrzowe, dzięcioły północne, czaple łódkowe, czaple białe.
Gady: iguany zielone, iguany kolczaste, krokodyle amerykańskie, krokodyle Moreleta, żółwie czerwononogie, bazyliski brązowe, jaszczurki meksykańskie ozdobne, wężówki szarlatowe, wężownice żelazne.
Płazy: krasnoludki drzewne (red-eyed tree frogs), Smilisca baudinii, meksykańskie żabki zielone, żabki bromeliowe, żabki Majowe, byki.