Utrata i degradacja siedlisk :Nietoperz seszelski zakłada gniazda i żeruje na rodzimych siedliskach leśnych. Wylesianie na potrzeby rolnictwa, pozyskiwania drewna i rozwoju doprowadziło do fragmentacji i redukcji tych lasów, znacznie ograniczając dostępne siedliska tego gatunku.
Polowanie i łapanie w pułapki :Na nietoperza seszelskiego czasami poluje się w celach spożywczych lub wykorzystuje się go w medycynie tradycyjnej. Dodatkowo mogą zostać uwięzione w sieciach zastawionych na inne zwierzęta.
Wprowadzone drapieżniki :Wprowadzenie obcych drapieżników, takich jak szczury, koty i mangusty, również przyczyniło się do wyginięcia nietoperza seszelskiego. Te drapieżniki polują na nietoperze, ich młode i miejsca odpoczynku.
Mała populacja i podatność genetyczna :Nietoperz seszelski ma niewielką populację i jest silnie zlokalizowany, co czyni go bardziej podatnym na skutki utraty siedlisk, polowań i drapieżników. Mała liczebność populacji ogranicza także różnorodność genetyczną, zwiększając ryzyko chowu wsobnego i ograniczając zdolność gatunku do przystosowania się do zmieniających się warunków środowiskowych.
Zmiany klimatyczne :Zmieniające się wzorce klimatyczne, takie jak podwyższone temperatury i zmieniające się opady, mogą wpływać na dostępność pożywienia i miejsc noclegowych, jeszcze bardziej zaostrzając wyzwania stojące przed nietoperzem seszelskim.
Trwają działania ochronne mające na celu ochronę nietoperzy seszelskich i jego siedlisk, w tym ustanawianie obszarów chronionych, przywracanie siedlisk i środki kontroli drapieżników. Jednakże gatunek ten pozostaje krytycznie zagrożony i wymaga ciągłego monitorowania i działań ochronnych, aby zapewnić jego długoterminowe przetrwanie.