Sezon rozmnażania nietoperzy owocowych zależy od gatunku i lokalizacji geograficznej. Np. w Indiach indyjski nietoperz owocowy (latający lis) rozmnaża się od marca do maja, a większy krótkonosy nietoperz owocowy – od sierpnia do listopada.
Zazwyczaj nietoperze owocowe wykazują poliginię – samce parzą się z wieloma samicami. Samice zazwyczaj rodzą jednego młodego po ciąży trwającej kilka miesięcy. Noworodki wylęgują z zamkniętymi oczami i w pełni zależą od matki w karmieniu i opiece. W ciągu kilku miesięcy uczą się latać i samodzielnie pozyskiwać pożywienie, osiągając dojrzałość płciową w ok. roku życia.
Niektóre gatunki, np. słomkowonose nietoperz owocowy, wykazują zsynchronizowane rozmnażanie – duże liczby samic rodzą w tym samym czasie. Uważa się, że to adaptacja zmniejszająca ryzyko drapieżnictwa na ciężarnych samicach i młodych.