Ogólnie rzecz biorąc, nietoperze owocowe wykazują poligię, w której mężczyźni kojarzy się z wieloma kobietami. Kobiety rodzą pojedynczego szczeniaka po okresie ciąży, który zwykle trwa kilka miesięcy. Szczenięta rodzą się z zamkniętymi oczami i zależą od matki za jedzenie i opiekę. Uczą się latać i żerują same w ciągu kilku miesięcy i osiągają dojrzałość seksualną w wieku około jednego roku.
Niektóre gatunki nietoperzy owocowych, takie jak nietoperz owocowy w kolorze słomy (Eidolon Helvum), wykazują synchronizowaną hodowlę, w której duża liczba osób rodzi jednocześnie. Uważa się, że jest to adaptacja w celu zmniejszenia ryzyka drapieżnictwa u kobiet w ciąży i młodych szczeniąt.