1. Pochodzenie genetyczne:
Sklonowane zwierzę jest genetycznie identyczne z komórką dawcy, która dostarcza mu jądro. Oznacza to, że sklonowane zwierzę ma dokładnie tę samą informację genetyczną, co pierwotny dawca. Natomiast zwierzęta wyprodukowane drogą płciową dziedziczą materiał genetyczny od obojga rodziców w wyniku fuzji gamet (komórki jajowej i plemników), co prowadzi do różnorodności genetycznej i mieszania cech.
2. DNA mitochondrialny (mtDNA):
Podczas SCNT zwykle wykorzystuje się cytoplazmę jaja biorcy, w tym jego mitochondria. W rezultacie sklonowane zwierzę ma mitochondrialne DNA dawcy komórki jajowej, a nie dawcy jądra komórki somatycznej. Jednakże w niektórych przypadkach opracowano metody mające na celu zachowanie mitochondrialnego DNA komórki somatycznej, co oznacza, że sklonowane zwierzę może posiadać mtDNA zarówno od dawcy komórki jajowej, jak i dawcy jądra komórki somatycznej. Z kolei zwierzęta rozmnażane płciowo dziedziczą mtDNA wyłącznie od matki, ponieważ występuje ono wyłącznie w jaju.
3. Modyfikacje epigenetyczne:
Modyfikacje epigenetyczne to zmiany chemiczne w DNA, które wpływają na ekspresję genów bez zmiany samej sekwencji DNA. SCNT może prowadzić do zmian we wzorcach epigenetycznych, gdy jądro komórki somatycznej zostanie przeprogramowane tak, aby zachowywało się jak jądro embrionalne. Może to skutkować różnicami w ekspresji genów i potencjalnie zmianami fenotypowymi pomiędzy sklonowanymi zwierzętami a ich genetycznymi odpowiednikami powstałymi w wyniku rozmnażania płciowego. Na modyfikacje epigenetyczne mogą mieć również wpływ takie czynniki, jak wiek i rodzaj komórki dawcy, a także środowisko komórki jajowej biorcy.
4. Nieprawidłowości rozwojowe:
W niektórych przypadkach sklonowane zwierzęta mogą doświadczyć nieprawidłowości rozwojowych lub problemów zdrowotnych z powodu wyzwań związanych z przeprogramowaniem lub zakłóceń podczas procesu klonowania. Nieprawidłowości te mogą obejmować drobne wady fizyczne lub poważne komplikacje zdrowotne, w tym zwiększoną podatność na niektóre choroby lub zmniejszoną płodność.
Należy zauważyć, że technologia i techniki stosowane w klonowaniu stale się rozwijają, a badacze w dalszym ciągu optymalizują ten proces, aby zminimalizować te różnice i zapewnić dobrostan i zdrowie sklonowanych zwierząt.