Czarnogonowe prerie psy są głównie roślinożerne – trawy i rośliny kwitnące (paproci, byliny) stanowią większość ich diety. Trawy spożywane są przez cały rok, rośliny kwitnące (tzw. forby) są ważniejsze wiosną i latem.
Jedzą też owady: koniki polne, chrząszcze, mrówki i motyle, zwłaszcza latem i jesienią, gdy owady są obfite. Owoce i nasiona, w tym borówki, śliwi, wiśnie i nasiona słonecznika, spożywane są sezonowo lub przez cały rok.
Taka zróżnicowana dieta dostarcza składników niezbędnych do wzrostu i rozmnażania, a dostępność pokarmu mocno wpływa na to, gdzie żyją i ile z nich przeżyje.