Nietoperze zazwyczaj wydzielają moszczysty, ziemisty zapach pochodzący z chemikaliów sekretonych przez skórę, sierść i ślinę. Te zapachy służą komunikacji, oznaczania terytorium i dojrzewaniu płciowemu. W jaskiniach, gdzie gromadzą się duże kolonie, zapach może być intensywny. Niektórzy uważają go za nieprzyjemny, inni za neutralny, a nawet uspokajający.