Szacuje się, że na świecie jest ok. 1300 gatunków nietoperzy, a populacje się bardzo różnią w zależności od gatunku i regionu. Niektóre gatunki, jak pospolita kawkowiec, są powszechne i liczne, inne, jak nietoperz owocowy z Rodrigues, są krytycznie zagrożone – poniżej 10 osobników.
Bardziej dokładny szacunek wymagałby kompleksowego spisu populacji nietoperzy w każdym kraju i regionie, co jest trudne, bo nietoperze trudno wykrywać i liczyć. Taki spis dałby cenne dane do ochrony.