Pantanal jest domem dla różnorodnych gatunków ptaków, w tym:
* Ara hiacyntowa
* Ara szkarłatna
* Czapla wielka
* Bocian z Jabiru
* Warzęcha różana
* Ara zielonoskrzydła
* Tukan toko
* Brazylijski nuner
* Grzebień kaczki
Ssaki
W Pantanalu można spotkać wiele różnych ssaków, takich jak:
* Gigantyczny pancernik
* Wilk grzywiasty
* Pekari Chacoan
* Jeleń pampasowy
* Jaguara
*Ocelot
* Kot tygrysi północny
* Jeleń błotny
* Kapibara
Gady i płazy
Pantanal zamieszkuje również wiele gadów i płazów, w tym:
* Anakonda zielona
* Czarny kajman
* Kajman Yacare
* Kajman okularowy
* Brazylijski żółw olbrzymi
* Żółw czerwononogi
* Żółw jaszczurowaty
* Złota trująca żaba
* Żaba drzewna czerwonooka
Ryby
Pantanal jest domem dla ponad 260 gatunków ryb, w tym:
* Pirania czerwonobrzuchy
* Czarna pirania
* Payara
* Arapaima
* Tambaqui
* Pacu
* Sum
* Characyny
* Pielęgnice