Różnorodność genetyczna: Klonowanie daje genetycznie identyczne osobniki. Brak różnorodności genetycznej może sprawić, że populacja będzie bardziej podatna na choroby, zmiany środowiskowe i inne zagrożenia.
Skutki behawioralne i ekologiczne: Sklonowanym zwierzętom może brakować naturalnych zachowań, struktur społecznych i interakcji ekologicznych opracowanych przez pokolenia ewolucji. Może to zakłócić dynamikę ekosystemu.
Konkurencja i wykorzystanie zasobów: Wprowadzenie sklonowanych osobników może zwiększyć konkurencję o zasoby, takie jak pożywienie, siedlisko i partnerki, wpływając na inne gatunki.
Przenoszenie chorób: Sklonowane zwierzęta mogą przenosić choroby lub defekty genetyczne, które mogą przedostać się do dzikich populacji.
Przydatność siedliska: Klonowane zwierzęta mogą nie być dobrze przystosowane do specyficznych warunków panujących w ich naturalnym środowisku, co prowadzi do niskich wskaźników przeżywalności.
Funkcja ekosystemu: Brak wkładu ekologicznego sklonowanych zwierząt, takiego jak zapylanie, rozprzestrzenianie nasion lub drapieżnictwo, może zmienić funkcjonowanie ekosystemu.
Brak doboru naturalnego: Klonowanie omija dobór naturalny, co eliminuje osobniki mniej przystosowane. Może to spowodować, że populacja nie będzie dobrze dostosowana do środowiska.
Nieprzewidywalne skutki długoterminowe: Długoterminowe konsekwencje ekologiczne klonowania i wprowadzania identycznych genetycznie zwierząt do ekosystemu nie są w pełni poznane.
Dlatego chociaż klonowanie zagrożonych gatunków może wydawać się obiecującym narzędziem ochrony, należy do niego podchodzić ostrożnie i konieczne są dokładne badania w celu oceny potencjalnego ryzyka i wpływu na ekosystemy.