Choć adaptacja zwierząt jest niezbędna do przetrwania, może też wiązać się z wadami:
Ograniczony zasięg siedliska: Wyspecjalizowane adaptacje często związują zwierzę z konkretnym ekosystemem, utrudniając przetrwanie, jeśli warunki się zmienią lub zwierzę zostanie przesiedlone.
Kompromisy drapieżność/obrona: Niektóre adaptacje, jak jaskrawe barwy do parzenia, mogą też sprawić, że zwierzęta są bardziej widoczne dla drapieżników.
Konkurencja o zasoby: Zwierzęta z podobnymi adaptacjami mogą silnie konkurować o pożywienie, schronienie i partnerów, potencjalnie ograniczając wzrost populacji.
Utrata zdolności adaptacyjnych: Silnie wyspecjalizowane gatunki mogą mieć problem z ewolucją nowych cech przy drastycznych zmianach środowiskowych.
Wrażliwość na zmiany środowiskowe: Zachowania jak hibernacja lub migracja mogą stać się szkodliwe, jeśli klimat zmieni się gwałtownie przez działalność ludzką lub przyczyny naturalne.
Koszt adaptacji: Wyrafinowane występy lub struktury wymagają znacznej energii, co może skracać życie lub wpływać na opiekę rodzicielską.
Pasożyty i choroby: Określone adaptacje obronne mogą niechcący sprawić, że zwierzęta są bardziej wrażliwe na konkretne pasożyty lub choroby.
Mimo tych wad, korzyści z adaptacji zazwyczaj przeważają nad wadami w stabilnych środowiskach.