Metody spisów zwierząt zależą od gatunku, środowiska i celów spisu. Oto najczęściej stosowane metody:
Obserwacja bezpośrednia
Polega na bezpośrednim obserwowaniu i zliczaniu zwierząt w ich naturalnym siedlisku. Obserwatorzy mogą używać binokli, lunet lub innego sprzętu optycznego. Metoda ta stosuje się dla gatunków łatwych do zauważenia, np. ptaków lub dużych ssaków.
Przekroje liniowe (Line Transects)
Metoda ta polega na przechodzeniu lub polecie wzdłuż wyznaczonej linii i rejestrowaniu wszystkich zwierząt widocznych w określonej odległości od linii. Długość linii i szerokość przekroju dobiera się do gatunku i środowiska.
Punkty obserwacyjne (Point Counts)
Wybiera się serię punktów na obszarze badań i rejestruje zwierzęta widziane lub słyszane w określonym czasie od każdego punktu. Liczba punktów i promień obserwacji zależą od gatunku i siedliska.
Metoda złowienia i ponownego łapania (Capture-Recapture)
Złapuje się próbkę zwierząt, znakuje je (np. naszywkami, obrączkami) i puszcza. Po pewnym czasie łapie się drugą próbkę, a liczba oznakowanych osobników pozwala oszacować wielkość populacji.
Fotopułapki (Camera Traps)
Kamery aktywowane ruchem umieszczane w strategicznych miejscach rejestrują zdjęcia lub wideo zwierząt. Idealne do badań gatunków tajemniczych lub nocnych.
Spisy akustyczne
Nagrywanie i analiza dźwięków emitowanych przez zwierzęta w celu identyfikacji i zliczania gatunków. Często stosowane u ptaków i innych zwierząt wokalizujących.
Teledetekcja
Techniki teledetekcji, takie jak zdjęcia satelitarne i spisy lotnicze, pozwalają szacować liczebność i rozkład zwierząt na dużych powierzchniach.
Wybór metody zależy od gatunku, terenoznawstwa, roślinności, budżetu i celów spisu. Często łączy się różne metody, aby zwiększyć dokładność i wiarygodność wyników.