Epoka plejstoceńska była również czasem megafauna lub gigantycznych zwierząt. Największym z tych zwierząt był mastodon, masywny krewny współczesnego słonia, który mógł osiągnąć wysokości do 13 stóp i ważyć do 8 ton. Inne megafauna, które mieszkały w tym czasie w Kentucky, to mamut, gigantyczny żubra, niedźwiedź krótkoterminowy i tragiczny wilk.
Wraz z ociepleniem klimatu na końcu epoki plejstocenu zwierzęta te stopniowo wygasły. Ostatnie mastodony zniknęły z Ameryki Północnej około 11 000 lat temu, podczas gdy ostatnie mamuty zmarły około 10 000 lat temu.
Dziś w Kentucky jest domem dla szerokiej gamy roślin i zwierząt, które są bardziej przystosowane do obecnego klimatu stanu. Lasy są zdominowane przez drzewa dębowe, klonowe i hickory, a użytki zielone są domem dla różnych traw, dzikich kwiatów i krzewów. Tundra zniknęła z Kentucky, ale stan nadal jest domem dla różnych zwierząt, które znajdują się w chłodniejszych klimatach, takich jak zając na rakietach śnieżnych, czerwony lis i jelenie białych ogonowych.