Większe drapieżniki:
* wilki: Wilki są głównym drapieżnikiem kojotów, szczególnie na obszarach, w których oba gatunki się pokrywają.
* niedźwiedzie: Podczas gdy niedźwiedzie, zwłaszcza niedźwiedzie grizzly, mogą poluzować kojoty, szczególnie jeśli oczyszczają lub polują.
* Lwy górskie: Lwy górskie, szczególnie w zachodnich Stanach Zjednoczonych, są zdolne do zabijania kojotów, choć częściej szukają większej ofiary.
Inne drapieżniki:
* Bobcats: Bobcaty, mniejsze niż kojoty, mogą czasem żerują na młodych kojotach lub kojotach osłabionych lub rannych.
* duże drapieżniki: Złote orły i inne duże drapieżniki mogą zdjąć młode lub mniejsze kojoty.
* Inne kojoty: Same kojoty mogą angażować się w kanibalizm, szczególnie podczas ostrych zim lub gdy zasoby są rzadkie.
Ludzie:
* polowanie: Kojoty są często polowane przez ludzi w celu kontroli populacji i do ochrony zwierząt gospodarskich.
Inne zagrożenia:
* Choroby: Kojoty mogą ulec różnym chorobom, w tym wściekliźniemu, distemperowi i pasożytom.
* Pojazdy: Kojoty są często uderzane przez pojazdy, szczególnie w pobliżu dróg i autostrad.
Należy zauważyć, że drapieżnictwo kojotów nie jest częste, ponieważ są one bardzo przystosowalne i zaradne zwierzęta. Jednak drapieżniki odgrywają rolę w regulacji populacji kojotów.