Jaguary zamieszkują dżungle, lasy, zarośla i sawanny w Ameryce Środkowej i Południowej, w tym las deszczowy Amazonii, bagna Pantanal, Gran Chaco, górzyste lasy mgłiste Andów i brzowe mangrowy Brazylii. Preferują gęstą roślinność dającą kryję do zasiadków. Terytorium jednego jaguara może sięgać 25–100 km².
Utrata siedlisk przez wycinanie lasów, rolnictwo i osadnictwo to jedno z największych zagrożeń dla jaguara. Działania ochronne skupiają się na obszarach chronionych, zrównoważonym użytkowaniu ziemi i edukacji społeczności.