Kilka ludzkich czynności znacząco przyczyniło się do zagrożenia fretki czarnonóżki:
1. Utrata siedliska
Główną przyczyną spadku liczebności fretek czarnonóżek była destrukcja ich naturalnego siedliska – stepów trawiastych. Przemiana tych ziem na cele rolne, urbanizację i eksploatację surowców drastycznie zmniejszyła dostępne siedlisko dla suslików preriowych, a co za tym idzie – dla fretek czarnonóżek.
2. Truczenia
Programy rządowe kontroli drapieżników mające na celu wyeliminowanie suslików preriowych często opierały się na truciznach, takich jak strychnina i cyjanek. Te trucizny były aplikowane do nor suslików i często dotyczyły gatunków niecelowych, takich jak fretka czarnonóżka, co prowadziło do spadku ich liczebności.
3. Choroby
Dżuma stepowa, choroba wywołana przez bakterię Yersinia pestis, jest wysoce zakaźna wśród fretek czarnonóżek i spowodowała drastyczne spadki populacji. Choć endemiczna w niektórych rejonach Ameryki Północnej, choroba została rozszerzona przez europejskich osadników i ich zwierzęta hodowlane. Wrażliwość fretek na dżumę to jeden z głównych czynników ograniczających ich odbudowę populacji.
4. Polowanie i łowienie
Fretki czarnonóżki były w przeszłości polowane i łowione, głównie ze względu na futro. Nie było to istotnym czynnikiem zagrożenia, ale dodało się do skumulowanego wpływu innych czynników.
5. Konkurencja i drapieżnictwo
Zmiany w ekosystemie preriowym, takie jak upadek kolonii suslików i ingerencja kojotów, wpłynęły na fretki czarnonóżki. Kojoty i psy domowe polują na fretki, a redukcja kolonii suslików wpływa na dostępność odpowiednich nor, pożywienia i krycia dla fretek.
Podjęto wysiłki w celu ochrony i odbudowy populacji fretki czarnonóżki poprzez programy hodowli w niewoli, reintrodukcje i inicjatywy ochrony siedlisk. Mimo to, z powodu trwających wyzwań związanych z utratą siedliska, chorobami i drapieżnictwem, gatunek ten pozostaje krytycznie zagrożony i narażony na dalsze spadki liczebności.