1. Utrata siedlisk: Główną przyczyną spadku populacji fretki czarnogłowej było zniszczenie ich siedlisk na łąkach preriowych. Przekształcenie tych terenów pod rolnictwo, urbanizację i rozwój zasobów spowodowało znaczne ograniczenie dostępnych siedlisk dla piesków preriowych, a następnie fretek czarnonogich.
2. Zatrucie: Sponsorowane przez rząd programy zwalczania drapieżników, mające na celu wytępienie psów preriowych, często obejmowały stosowanie trucizn, takich jak strychnina i cyjanek. Trucizny te stosowano do nor piesków preriowych i często wpływały na gatunki inne niż docelowe, takie jak fretka czarnogłowa, co doprowadziło do ich zmniejszenia liczebności.
3. Choroba: Dżuma leśna, choroba wywoływana przez bakterię *Yersinia pestis*, jest wysoce zakaźna wśród fretek czarnogłowych i powoduje poważny spadek populacji. Chociaż choroba pochodzi z niektórych obszarów Ameryki Północnej, została przeniesiona przez europejskich osadników i ich zwierzęta gospodarskie. Podatność fretek czarnogłowych na zarazę jest jednym z głównych czynników ograniczających ich powrót do zdrowia.
4. Polowanie i łapanie w pułapki: W przeszłości polowano i łapano fretki czarnonogie, głównie ze względu na futro. Nie przyczyniło się to w znaczący sposób do ich zagrożenia, ale zwiększyło skumulowany wpływ innych czynników.
5. Konkurencja i drapieżnictwo: Zmiany w ekosystemie prerii, takie jak zanik piesków preriowych i wkraczanie kojotów, wpłynęły na fretki czarnonogie. Kojoty i psy domowe polują na fretki czarnonogie, podczas gdy redukcja kolonii piesków preriowych wpływa na dostępność odpowiednich nor, pożywienia i schronienia dla fretek.
Podjęto wysiłki, aby chronić i odrodzić fretkę czarnonogą w ramach programów hodowli w niewoli, reintrodukcji i inicjatyw na rzecz ochrony siedlisk. Jednak ze względu na ciągłe wyzwania związane z utratą siedlisk, chorobami i drapieżnictwem gatunek ten pozostaje krytycznie zagrożony i podatny na dalszy spadek populacji.