Miniaturowy konie, jak ich pełnowymiarowe odpowiedniki, wymagają określonych szczepionek w tej samej dawce co duże konie, by chronić ich zdrowie. W przeciwieństwie do dużych koni, podawanie wielu szczepionek naraz lub "combo" z West Nile NIE jest zalecane dla miniaturowych – może być za dużo dla ich układu. Zamiast tego szczepienia powinny być rozłożone w czasie – min. tydzień przerwy między strzałami w innych miejscach ciała. Zalecane: VEWT, wścieklizna, West Nile, grypka, rynopneumonitis (flu/rhino). Dodatkowo dla koni wystawowych: częstsze flu/rhino, plus szczepionki na streptokoki i gorączkę Potomac.
Szczepionka VEWT
VEWT (wenezuelska, wschodnia i zachodnia encefalomielitis + tetanus) podaje się wiosną. Jeśli pierwsza dawka – do szczepionka przypomienna (booster) 4–6 tygodni później. Chroni przed tetanusem (zatruciem tetanowym/lockjaw) – bakterią infekującą rany kłute, głębokie siniaki, ropniaki. Chroni też przed encefalomielitis – chorobą powodującą ślepotę i stan zapalny mózgu/rdzenia u miniaturowych koni. Znana też jako choroba senna – wirusy noszone przez ptaki dzikie. Z trzech wariantów w Ameryce Północnej, tylko wenezuelski przenosi się od konia do konia. Choć składniki VEWT dostępne osobno, potrójna kombinacja trzech encefalomielitis jest najskuteczniejsza.
Szczepionka na wściekliznę
Miniaturowy konie muszą dostać początkową szczepionkę na wściekliznę z do szczepionką co 2–3 lata lub rocznie w obszarach wysokiego ryzyka. Mogą zarazić się wścieklizną od innych zwierząt – niebezpieczna, potencjalnie śmiertelna. Nawet jeśli nie wymagana prawnie – zalecana. Objawy: chodzenie po macie, delirium, halucynacje, wysoka gorączka, utrata równowagi (wczesne), pena u ust i ślinienie (zaawansowane).
Szczepionka West Nile
West Nile dla miniaturowych koni początkowo wiosną, do szczepionka po ok. 4 tygodniach, potem wiosną i jesienią w regionach, gdzie komary (wahacze choroby) są cały rok. Mimo plotek – szczepionka West Nile NIE jest niekompatybilna z miniaturowymi koniami, żadne badania nie wykazały komplikacji. Nie zaleca się dla ciążonych miniaturowych koni w I trymestrze.
Szczepionki grypki/rynopneumonitis (Flu/Rhino)
Wszystkie miniaturowy konie powinny dostać szczepionki na grypkę i rynopneumonitis jesienią, z do szczepionką po 4 tygodniach. Klacz mini nie powinna dostawać połączonych flu/rhino, chyba że weterynarz zaleci. Ze względu na większe narażenie na grypkę i rhino od innych miniaturowych koni na wystawach, konie wystawowe powinny dostawać flu/rhino co 3 miesiące, min. 3 tygodnie przed wystawą.
Dodatkowe szczepionki dla miniaturowych koni wystawowych
Ze względu na styl życia podróżny, konie wystawowe muszą dostać dodatkowe szczepionki. Początkowa szczepionka na gorączkę Potomac (PHF) z do szczepionkami co 3 miesiące przy podróżach do zainfekowanych obszarów. Szczepionka na streptokoki dostępna w formie wewnątrznosowej w klinikach weterynaryjnych – też zalecana dla koni wystawowych.