Konsumenci pierwotni nie zawsze zajmują pierwszy poziom troficzny w sieci pokarmowej. W większości ekosystemów lądowych baza tworzą producenci fotosyntetyzujący, takie jak rośliny i glony. Jednak w określonych środowiskach – przede wszystkim w ekosystemach hydrotermalnych głębinowych – produkcja pierwotna napędzana jest chemiosyntezą, a nie światłem słonecznym.
W tych unikalnych systemach chemosyntetyczne bakterie i archaea stanowią fundament sieci pokarmowej. Konsumenci pierwotni w tych siedliskach to organizmy żywiające się bezpośrednio tymi mikroorganizmami. To ilustruje, że struktura troficzna zależy od dostępnego źródła energii, a konsumenci pierwotni mogą występować na różnych poziomach w zależności od ekosystemu.