Konie morskie to wrażliwe stworzenia, na których poluje wiele zwierząt:
Ryby
- Większe ryby: Grupiery, lutjany, karangowie, tuńczyki, niektóre rekiny.
- Mniejsze ryby: Pomacentrowate, kuglorzy, balisty, niektóre węgorze – zwłaszcza młode konie morskie.
Inne zwierzęta morskie
- Żółwie morskie: Żółw karolkowy (hawksbill) je konie morskie.
- Skorupiaki: Krabowie, homary, krewetki polują na mniejsze konie morskie.
- Ptaki: Mewy, czaple, rybitwy mogą chwycić konia morskiego z powierzchni.
- Głowonogi: Ośmiornice i kalmary zjadają konie morskie.
- Inne bezkręgowce: Gwiazdy morskie i aktynie mogą polować na konie morskie.
Wpływ człowieka
Ludzie też zagrażają koniom morskim przez przełów, niszczenie siedlisk i zanieczyszczenia. Konie morskie poruszają się wolno i polegać na kamuflażu, co czyni je łatwymi ofiarami.