Rekiny młotowe są zagrożone nadłowem na mięso, płetwy i olej, oraz przyłowem. Zniszczenie siedlisk raf koralowych i mangrowych pozbawia je schronienia i miejsc tarła. Wolny wskaźnik rozmnażania – kilka młodych co 2–3 lata – utrudnia odbudowę populacji.