Istnieje kilka powodów drastycznego spadku populacji kondora kalifornijskiego, pozostawiając około 200 osobników w naturze:
1. Utrata i degradacja siedliska: Głównym czynnikiem jest utrata naturalnego siedliska przez działalność ludzką: urbanizację, rolnictwo, leśnictwo. Kondor związany jest z starodrzewnymi lasami iglastymi i urwiskami do gniazdowania i odpoczynku. Ludzkie ingerencje sfragmentowały i zmniejszyły te obszary.
2. Polowanie i strzelanie: Kiedyś kondory polowano za pióra i uważano za zagrożenie dla bydła. Choć polowanie jest teraz zabronione, nadal zdarzają się nielegalne strzelania.
3. Ołów w organizmie: Ołów to znacząca przyczyna śmierci kondorów. Ptaki pochłaniają go z fragmentów amunicji ołowiowej pozostawionych po polowaniu. Ołów uszkadza układ nerwowy i narządy wewnętrzne, prowadząc do śmierci.
4. Wyzwania rozrodcze: Kondor kalifornijski rozmnaza się wolno. Pierwsze lęgi dopiero w wieku ok. 6 lat, a zazwyczaj co dwa lata wychowuje jedno pisklę. Tak niska wskaźnik reprodukcji czyni populację wrażliwą na zakłócenia.
5. Inbreeding i problemy genetyczne: Z powodu małej populacji pozostające kondory są narażone na inbreeding, co prowadzi do spadku różnorodności genetycznej i większej wrażliwości na choroby.
Podejmowane są działania ochronne: hodowla w warunkach kontrolowanych, ochrona siedlisk, usuwanie amunicji ołowiowej z rejonów polowych. Te środki przyczyniły się do powolnego odrodzenia populacji, ale dalsze przetrwanie zależy od ciągłych wysiłków i ochrony siedliska.