Najczęstszą przyczyną zagrożenia gatunków jest utrata siedliska. Następuje, gdy naturalne środowisko gatunku zostaje zniszczone lub istotnie zmienione, uniemożliwiając przetrwanie. Przyczyny: urbanizacja, wycinka lasów, górnictwo, zanieczyszczenia, zmiany klimatu. Utrata siedliska to główny driver kryzysu bioróżnorodności i przyczyna licznych wyginięć na świecie.