Krokodyle Nilowe zamieszkują szeroki wachlarz środowisk słodkowodnych: rzeki, jeziora, bagna i torfowiska. Preferują wody płytkie z gęstą roślinnością, dającą maskę do polowania i ochronę. Mogą też występować w wodach podmorskich, np. ujściach i lagunach przybrzeżnych.