Ryby kostne zamieszkują wody słodkie (jeziora, rzeki, stawy), wody sałoczyste (ujścia rzek) oraz wody solne (oceany, morza, rafy koralowe). Dopracowały się do szerokiego zakresu temperatur, poziomów pH, zasolenia i głębokości, w tym jaskiń i podziemnych rzek.