Oto główne warstwy głębokiego jeziora:
1. Epolimnion:To górna, najcieplejsza warstwa jeziora. Jest dobrze oświetlony i zawiera dużą ilość tlenu. To tutaj występuje większość aktywności fotosyntetycznej, a plankton i inne organizmy rozwijają się.
2. MetaMnion:Jest to warstwa o szybko zmniejszającej temperaturze, która oddziela epilimnion od hipolimnionu. Jest również znany jako termoklina. Ta warstwa może mieć grubość kilku metrów i działa jak bariera między górnymi i dolnymi warstwami jeziora, hamując mieszanie.
3. Hypolimnion:To jest głęboka, zimna, dolna warstwa jeziora. Jest słabo oświetlony i zawiera bardzo mało tlenu. Woda w hipolimnionie jest gęstsza i nie miesza się łatwo z górnymi warstwami. Ta warstwa może mieć setki metrów głęboko w dużych jeziorach.
4. Strefa profundowa:Najgłębsza część jeziora nazywa się strefą profundalną. Charakteryzuje się niskimi temperaturami, niskim poziomem tlenu i ograniczoną widocznością. Organizmy żyjące w tej strefie są przystosowane do tych trudnych warunków.
Tak więc, chociaż głębokie jeziora nie mają dokładnie takich samych stref co biom morski, wykazują wyraźne warstwy i zmienność temperatury, penetracji światła i poziomów tlenu, co powoduje różne nisze ekologiczne i społeczności organizmów.