Trawa Sólna (Saltmarsh Cordgrass)
Spartina alterniflora powszechna w strefie międzyprzypływowej estuarium. Wysoce soleoodporna, używa specjalizowanych tkanek do wydalania nadmiaru soli.
Mangrowce
Różne gatunki z rodzin Rhizophoraceae, Avicenniaceae, Combretaceae rosną w tropikalnych i subtropicalnych estuariach o wysokiej słoności i temperaturach. Posiadają korzenie powietrzne stabilizujące osady i pomagające wydobywać tlen.
Fitoplankton
Mikroglony: okrzemki, dinoflagelaty, cyjanobakterie unoszące się w kolumnie wodnej i wykorzystujące światło do fotosyntezy. Znacznie przyczyniają się do produkcji pierwotnej w estuariach, zwłaszcza w górnej warstwie wody.
Razem te autotrofy stanowią fundament sieci pokarmowych estuarium, zamieniając energię słoneczną w pożywienie dla szerokiego wachlarza życia zwierzęcego.