Kiedy rekin oddycha, otwiera usta i bierze wodę. Woda przechodzi nad skrzelami, a tlen w wodzie jest pochłaniany przez naczynia krwionośne w włóknach. Następnie woda wychodzi z ciała rekina przez jego spirale, które są małymi otworami znajdującymi się za oczami.
Rekiny muszą się poruszać, aby oddychać. Wynika to z faktu, że woda płynąca po swoich skrzelach musi być natleniona. Jeśli rekin przestanie się poruszać, woda wokół niego stanie się odtleniana, a rekin się dusi.
Niektóre rekiny, takie jak Wielki Biały Rekin, mają specjalny organ zwany Jet Ram. Ram Jet pomaga rekinowi oddychać, zmuszając wodę na skrzela. To pozwala rekinowi pływać z dużymi prędkościami bez konieczności przestawania oddychania.