Ryby oddychają, przepływając wodę przez skrzyle. Tlen dyfunduje się przez cienkie błony naczyńkowych do krwi, a dwutlenek węgla w drugą stronę. Woda wypływa przez szczeliny skrzlowe lub pokrywki skrzlowe. Niektóre gatunki mają dodatkowe narządy do oddychania powietrzem w warunkach niedotlenienia.