1) Budowa komórki:
- Bakterie: komórki prokariotyczne, bez narządów owiewnowych i jądra.
- Pierworodniki: komórki eukariotyczne, z narządami owiewnowymi i prawdziwym jądrem.
2) Rozmiar:
- Bakterie: zazwyczaj 0,1–5 mikrometrów (µm).
- Pierworodniki: większe od bakterii, od kilku mikrometrów do ponad milimetra.
3) Materiał genetyczny:
- Bakterie: pojedynczy chromosom kołowy w obszarze nucleoidalnym.
- Pierworodniki: wiele chromosomów liniowych zamkniętych w wyraźnym jądrze.
4) Poruszanie się:
- Bakterie: niektóre mają włoczki lub pili do ruchu, inne są nieruchome.
- Pierworodniki: większe zróżnicowanie lokomocji: włoczki, rzęski, pseudopodia.
5) Odżywianie:
- Bakterie: zróżnicowane strategie: autotroficzne, heterotroficzne, pasożytnicze.
- Pierworodniki: głównie heterotrofowe (pożywienie się innymi organizmami), ale niektóre autotrofowe lub mikstotrofowe (łączące autotrofię i heterotrofię).