Istnieją tylko dwa rozpoznawane gatunki hipopotamów:
1. Hipopotam pospolity (Hippopotamus amphibius): Znajduje się w całej Afryce podsaaharskiej, jest trzecim co do wielkości ssakiem lądowym po słoniu afrykańskim i nosorożcu białym.
2. Hipopotam karłowy (Choeropsis liberiensis): Znacznie mniejszy od pospolitego, ten gatunek żyje w nizinnych lasach deszczowych i bagiennych Afryki Zachodniej, szczególnie w Liberii i Sierra Leone.