Drapieżniki kaczki harlekijnowej to:
- Orły białogłowe: Duże drapieżne, polujące nad wodą, nurkujące po ofiary.
- Orły złote: Podobni łowcy, typowo w rejonach górskich.
- Puszyki wielkie: Duże nocne sowy, zabijające ostrymi pazurami.
- Lisy rudobrudne: Szczególnie w sezonie lęgowym krażą jaja i młode kaczki.
- Kuny: Drapieżniki gniazd, zabierające jaja i pisklęta.
- Rysie (fishers): Drapieżniki gniazd, zabierające jaja i pisklęta.