Muchówki owocowe spotyka się tam, gdzie są naddojrzałe lub fermentujące owoce i materia organiczna. Typowe miejsca: kuchnie, sklepy spożywcze, restauracje, sadzy, winiarnie, kompostowniki, zagrody zwierzęce.
Szybko się rozmnażają, więc higiena i usuwanie naddojrzałych owoców ogranicza ich obecność.