1. Utrata siedlisk: Naturalnemu środowisku pingwina Humboldta zagraża działalność człowieka, taka jak ekspansja miast, rozwój wybrzeża i turystyka. Przekształcenie obszarów przybrzeżnych na osiedla ludzkie, przemysł i rolnictwo ogranicza ich tereny lęgowe i żerowiska, co prowadzi do fragmentacji i utraty siedlisk.
2. Przełowienie: Pingwiny Humboldta żywią się rybami, a przełowienie w rybołówstwie komercyjnym stanowi poważne zagrożenie. Wyczerpywanie się zasobów ryb ogranicza ich źródła pożywienia, co prowadzi do konkurencji z innymi drapieżnikami morskimi i wpływa na ich sukces reprodukcyjny i wskaźniki przeżycia.
3. Zmiana klimatu: Siedlisko pingwina Humboldta jest podatne na skutki zmiany klimatu, w tym na podnoszący się poziom mórz i zmiany prądów oceanicznych. Zmiany te zakłócają ich ekosystem i wpływają na dostępność gatunków ofiar. Ponadto ekstremalne zjawiska pogodowe, takie jak burze i fale upałów, mogą bezpośrednio zaszkodzić osobnikom lub zniszczyć ich miejsca gniazdowania.
4. drapieżnictwo: Pingwiny Humboldta stają w obliczu drapieżników zarówno ze strony gatunków rodzimych, jak i inwazyjnych. Naturalnymi drapieżnikami są lwy morskie i foki, natomiast wprowadzone drapieżniki, takie jak zdziczałe koty, psy i szczury, mogą polować na ich jaja, pisklęta i dorosłe osobniki.
5. Choroby i pasożyty: Pingwin Humboldta może cierpieć na różne choroby, w tym na ptasią grypę i pasożyty, takie jak wszy i pchły. W przeludnionych rodzinach choroby mogą się szybko rozprzestrzeniać, powodując wysoką śmiertelność, zwłaszcza wśród bezbronnych piskląt i młodych osobników.
6. Zanieczyszczenie: Zanieczyszczenia pochodzące z odpadów przemysłowych, wycieków ropy i tworzyw sztucznych stanowią poważne zagrożenie dla siedlisk i źródeł pożywienia pingwina Humboldta. Substancje chemiczne i zanieczyszczenia mogą zanieczyszczać środowisko i gromadzić się w ich ciałach, wpływając na ich zdrowie i zdolności reprodukcyjne.
Trwają działania ochronne mające na celu ochronę pingwinów Humboldta i ich siedlisk, obejmujące ustanawianie morskich obszarów chronionych, regulacje dotyczące praktyk połowowych, kontrolę drapieżników, przywracanie siedlisk i kampanie uświadamiające społeczeństwo. Współpraca między organizacjami zajmującymi się ochroną przyrody, rządami i społecznościami lokalnymi ma kluczowe znaczenie dla zapewnienia długoterminowego przetrwania tych kultowych ptaków.