Utrata siedlisk jest kolejnym poważnym zagrożeniem dla manatów. Manaty przetrwają w płytkich, ciepłych wodach, a ich siedliska są niszczone przez działalność człowieka, taką jak rozwój wybrzeża, zanieczyszczenie i zmiany klimatyczne. W miarę zanikania ich siedlisk manaty mają mniej miejsc do życia i pożywienia, co może prowadzić do spadku populacji i ostatecznego wyginięcia.
Polowanie i kłusownictwo stanowią również poważne zagrożenie dla manatów. Na manaty poluje się ze względu na mięso, skórę i olej, a często zabija się je jako przyłów w sprzęcie połowowym. Na niektórych obszarach manaty są również celowo zabijane przez ludzi, którzy postrzegają je jako szkodniki. Polowanie i kłusownictwo mogą zmniejszyć populację manatów i przyczynić się do wyginięcia gatunku.
Zmiany klimatyczne stanowi rosnące zagrożenie dla manatów. Wraz ze zmianą klimatu na Ziemi podnosi się poziom mórz i wzrasta temperatura wody. Może to zakłócić wzorce żywienia i hodowli manatów oraz zwiększyć ich podatność na choroby. Zmiana klimatu może również prowadzić do zmian w siedliskach przybrzeżnych, co może jeszcze bardziej zagrozić populacji manatów.
Zajmując się tymi zagrożeniami, możemy pomóc chronić manaty i zapobiec ich wyginięciu.