1. słodkowodne: Są one powszechnie spotykane w siedliskach słodkowodnych, takich jak jeziora, stawy i rzeki. Mogą się rozwijać zarówno w stojących, jak i płynnych zbiornika wodnym.
2. Środowiska morskie: Niektóre chaonoflagelaty znajdują się w środowiskach morskich, w tym wodach przybrzeżnych i otwartych oceanach. Można je znaleźć na różnych głębinach, od płytkich obszarów przybrzeżnych po głębokie wody oceaniczne.
3. gleba: Niektóre gatunki chaonoflagellatów można znaleźć w wilgotnych glebach i środowiskach lądowych. Mogą zamieszczać pory glebowe i mikroabitaty bogate w materię organiczną i wilgoć.
4. Symbiotyczne relacje: Niektóre chaonoflagelaty tworzą symbiotyczne relacje z innymi organizmami. Na przykład niektóre gatunki żyją w związku z bezkręgowcami morskimi, takimi jak gąbki lub koralowce, gdzie przyczyniają się do pozyskiwania i obrony składników odżywczych gospodarza.
5. Ekstremalne środowiska: Niektóre chaonoflagelaty przystosowały się do przetrwania w ekstremalnych środowiskach, takich jak gorące źródła, wody kwaśne lub środowiska o wysokich stężeniach soli. Wykazują unikalne adaptacje, które pozwalają im rozwijać się w tych trudnych warunkach.
Specyficzna preferencja siedliska określonego gatunku chaonoflagellanu zależy od jego fizjologicznych adaptacji i wymagań ekologicznych. Organizmy te zajmują różnorodne siedliska, od ekosystemów słodkowodnych po środowiska morskie, a nawet ustawienia lądowe.