Podobnie jak ludzie, orły posiadają układ oddechowy pozwalający im oddychać powietrzem. Powietrze wpływa przez dziury nozdrzowe na dziobie, przechodzi przez przełyki nosowe i trafia do trąpieliny.
U ptaków trąpielina rozgałęzia się na oskrzela główne i przechodzi przez syrinks – organ głosowy. Następnie powietrze wpływa do płuc, które są stosunkowo małe i położone w kierunku tyłu ciała.
Orły posiadają też worki powietrzne, unikalne dla ptaków, które utrzymują przepływ powietrza podczas lotu. Wymiana gazowa dzieje się w płucach, gdzie tlen wpływa do krwiobiegu, a dwutlenek węgla jest usuwany. Ptaki używają jednokierunkowego systemu przepływu powietrza napędzanego mięśniami klatki piersiowej i mostka, a nie przeponą.