1. zbieżna ewolucja :Ewolucja zbieżna występuje, gdy niezwiązane gatunki ewoluują podobne cechy niezależnie, często w odpowiedzi na podobne ciśnienia środowiskowe. Na przykład usprawniony kształt ciała delfin i ryb ewoluował niezależnie w obu grupach jako adaptacja wydajnego ruchu w wodzie. Pomimo podobnego wyglądu delfiny są ssakami, a ryby są kręgowcami i należą do różnych ewolucyjnych linii.
2. wspólne cechy przodków :Niektóre gatunki mogą dzielić pewne cechy ze względu na wspólne pochodzenie, mimo że następnie rozbieżne i nabyły wyraźne cechy. Na przykład nietoperze i ptaki mają skrzydła, ale nietoperze są ssakami, podczas gdy ptaki są gadami. Obecność skrzydeł w obu grupach sugeruje wspólną historię ewolucyjną.
3. Dowody molekularne :Analiza genetyczna, taka jak sekwencjonowanie DNA, może ujawnić prawdziwe relacje ewolucyjne między gatunkami. Porównując sekwencje DNA, naukowcy mogą określić stopień podobieństwa genetycznego między różnymi gatunkami i wywnioskować ich związki ewolucyjne. Dowody DNA mogą odkryć ścisłe relacje genetyczne nawet między gatunkami, które wydają się bardzo różne morfologicznie.
4. Adaptacyjne promieniowanie :Promieniowanie adaptacyjne występuje, gdy pojedynczy gatunek przodków powoduje szereg różnorodnych gatunków o odrębnych morfologiach i adaptacjach. Przykładem są zięby Darwina na Wyspach Galapagos, w których różne gatunki zięby ewoluowały różne kształty dziób, aby wykorzystać określone źródła żywności. Pomimo różnic w strukturze dzioba, zięby te mają wspólnego przodka i są ściśle powiązane.
Dlatego możliwe jest, że dwa gatunki, które wyglądają zupełnie inaczej, są bardziej powiązane niż podobne do innych gatunków ze względu na takie czynniki, jak zbieżna ewolucja, wspólne cechy przodków, dowody molekularne i promieniowanie adaptacyjne.