Największą wrażliwością orła łysego jest porażka gniazdowania. Różne czynniki mogą zakłócić sukces rozmnażania, w tym skrajne zjawiska pogodowe, drapieżnictwo innych zwierząt, choroby i zakłócenia ludzkie w pobliżu miejsc legowych.
Zanieczyszczenie środowiska też odgrywa znaczącą rolę. Ekspozycja na metale ciężkie, plastiki, pestycydy i inne toksyczne chemikalia może osłabiać zdrowie orłów i obniżać sukces rozmnażania. Ponieważ orły łyse siedzą blisko szczytu łańcucha pokarmowego, zanieczyszczenia mogą się w ich organizmach gromadzić.
Ochrona siedlisk legowych i redukcja zanieczyszczeń środowiskowych pozostają kluczowymi krokami dla zapewnienia dalszego odrodzenia tego ikonicznego drapieżnika amerykańskiego.