Aligatorzy, jak wszystkie krokodylowate, mają tylko jeden typ zębów. Są stożkowate, dość długie i osadzone na zewnątrz szczęki. Zęby aligatora amerykańskiego są bardziej ostre niż chińskiego, który ma zęby przystosowane do zgniatania, a nie przebijania – chiński gatunek je więcej skorupiaków i zwierząt z twardymi skorupami.
Zęby przedszczekowe (premaksułowe)
Znajdują się tuż pod nozdrzami w górnej szczęce. Aligator amerykański ma zazwyczaj około 5 zębów w okolicach czoła pyska. Mniejszy aligator chiński ma tyle samo. Zęby ostre, spiczaste, wygięte do tyłu w stronę gardła.
Zęby szczękowe (maksułowe)
Znajdują się w górnej szczęce, z wyłączeniem zębów przedszczekowych. U aligatorów biegną w rzędzie wzdłuż obu boków górnej szczęki, wygięte w stronę ciała. Aligator amerykański ma 13–15 zębów maksułowych po każdej stronie, chiński 13–14. W przeciwieństwie do ludzkiego uzębienia, zęby nie przylegają do siebie – między nimi są odstępy. Mogą też różnić się długością.
Zęby żuchwowe (mandibularne)
Wszystkie zęby w dolnej szczęce. Podobnie jak w górnej – różnej długości, ostre, wygięte do tyłu w stronę ciała. Biegą wzdłuż całej długości żuchwy, zazwyczaj 19–20 zębów po obu stronach u aligatora amerykańskiego, 18–19 u chińskiego.
Ciekawostki o zębach aligatora
W przeciwieństwie do krokodyli, aligatorzy mają w górnej szczęce gniazdo, w które duży czwarty ząb schowuje się z oczu. Krokodyl ma rowków na zewnątrz pyska, do którego schodzi jego czwarty ząb. Ze względu na gwałtowny sposób jedzenia, zęby łatwo się łamią lub wybijają, dlatego nieustannie odrastają. Aligator ma w pysku do 80 zębów naraz, ale w ciągu życia może wymienić 2000–3000 zębów. Ich zęby są proste i jednolite, bo aligatorzy nie żują pokarmu – zęby służą tylko do chwytania i trzymania ofiary, gdy szczęki się zamkną. Zwierzę wtedy kręci całym ciałem, rozrywając mięso potężnymi szczękami i połykając kawałki całymi.