* utrata siedliska: Zniszczenie małego niebieskiego siedliska pingwina stanowi główne zagrożenie dla gatunku. Może to być spowodowane różnymi czynnikami, w tym rozwojem przybrzeżnym, zanieczyszczeniem i zmianami klimatu.
* choroba: Małe niebieskie pingwiny są podatne na szereg chorób, w tym ptasą cholerę, aspergilozę i kokcidiozę.
* zakłócenia człowieka: Małe niebieskie pingwiny mogą być zakłócone przez ludzkie zajęcia, takie jak pływanie łódką, wędkarstwo i pływanie. Może to prowadzić do stresu, obrażeń, a nawet śmierci.