Małe pingwiny niebieskie mają drapieżników: rekiny, foki, lwy morskie i ptaki drapieżne. Są też zagrożone utratą siedlisk, chorobami i zakłóceniami ludzkimi z żeglowania, rybołówstwa i pływania.
Te presje mogą powodować stres, urazy i spadek liczebności.