Inną teorią jest to, że mastodony wymarły z powodu zmian klimatu. Klimat Ameryki Północnej zmienił się kilkakrotnie podczas epoki plejstocenu, a mastodony mogły nie być w stanie dostosować się do zmieniających się warunków. Klimat stał się cieplejszy i bardziej suchy, a lasy, w których żyły mastodony, zaczęły znikać. Być może utrudniło mastodonom znalezienie jedzenia i schronienia.
Możliwe jest również, że połączenie czynników, takich jak polowanie przez ludzi i zmiany klimatu, doprowadziło do wyginięcia mastodonów. Mastodony były dużymi, wolno poruszającymi się zwierzętami i mogły być łatwym ofiarą dla ludzi. Zmieniający się klimat mógł utrudnić przetrwanie mastodonów. Bez względu na przyczynę mastodony wyginęły około 10 000 lat temu.