Dzięcioł kościoszony uważany jest za krytycznie zagrożony lub możliwy do wyginięcia, bez potwierdzonych obserwacji od początku XX w. Działania ochronne obejmują:
- Ochrona siedlisk: Ochrona i odnowa lasów dolinowych w południowo-wschodnich USA.
- Inwentaryzacja i monitorowanie: Przeszukiwanie potencjalnych siedlisk obserwacją wizualną i monitorowaniem akustycznym.
- Odtwarzanie akustyczne: Emitowanie nagranych głosów, by wywołać reakcje ewentualnych osobników.
- Skrzynki gniazdowe: Montaż skrzynek naśladujących naturalne dołki.
- Świadomość publiczna: Edukacja o gatunku i zachęcanie do zgłaszania obserwacji.
- Współpraca: Partnerstwa agencji, badaczy, właścicieli ziem i grup ochronnych.
Prace trwają mimo trudności wynikających z braku potwierdzonych dowodów.