Pierwotniaki zwierzęce, czyli protozoi, zamieszkują różnorodne środowiska:
- Wody słodkie: Jeziora, stawy, rzeki i strumienie (np. amoby, paramecium).
- Środowisko morskie: Wody oceaniczne, osady i powierzchnie organizmów morskich (np. okrzemki, dinoflagelaty).
- Gleba: Wspomagają cyrkulację składników odżywczych i rozkład (np. amoby, włókienkowce, cilia).
- Relacje symbiotyczne: Żyją w układach trawiennych zwierząt, pomagając w trawieniu.
- Siedliska pasożytnicze: Zamieszkują krew, układy trawienne lub tkanki gospodarza, czasem wywołując choroby (np. Plasmodium powodujące malarię).
Protozoi rozwijają się w niemal każdym wodnym i wilgotnym lądowym siedlisku na Ziemi.