1. Środowisko słodkowodne:Wiele pierwotniaków rozwija się w siedliskach słodkowodnych, takich jak jeziora, stawy, rzeki i strumienie. Przykładami pierwotniaków słodkowodnych są ameby, paramecia i euglena.
2. Środowisko morskie:Pierwotniaki występują obficie w ekosystemach morskich, zamieszkując słup wody, osady dna morskiego, a nawet powierzchnie organizmów morskich. Do pierwotniaków morskich zaliczają się okrzemki, bruzdnice i otwornice.
3. Gleba:Niektóre pierwotniaki występują w środowiskach glebowych, gdzie przyczyniają się do obiegu składników odżywczych i rozkładu materii organicznej. Przykładami pierwotniaków glebowych są ameby, wiciowce i orzęski.
4. Relacje symbiotyczne:Wiele pierwotniaków tworzy relacje symbiotyczne z innymi organizmami. Na przykład niektóre pierwotniaki żyją w układach trawiennych zwierząt, pomagając w trawieniu pokarmu i wchłanianiu składników odżywczych. Przykładami są trichonymfa u termitów i Paramecium bursaria u płazińców.
5. Pierwotniaki pasożytnicze:Niektóre pierwotniaki to pasożyty, które mogą powodować choroby u zwierząt i ludzi. Te pasożytnicze pierwotniaki mogą przebywać we krwi, przewodzie pokarmowym lub innych tkankach swoich żywicieli. Przykładami są Plasmodium wywołujące malarię i Trypanosoma powodujące śpiączkę afrykańską.
Ogólnie rzecz biorąc, pierwotniaki można spotkać w różnorodnych środowiskach, od ekosystemów słodkowodnych i morskich po glebę i symbiotyczne stowarzyszenia z innymi organizmami.