Tak, wiele gatunków koni morskich uważa się za zagrożone lub wrażliwe z powodu utraty siedlisk, nadmiernego rybołówstwa i nielegalnego handlu. Międzynarodowy Związek Ochrony Przyrody (IUCN) wpisuje niektóre gatunki koni morskich jako krytycznie zagrożone, zagrożone lub wrażliwe. Czynniki takie jak degradacja siedlisk, zanieczyszczenia i zmiany klimatu też przyczyniają się do spadku populacji. Działania ochronne trwają w celu ochrony siedlisk koni morskich, regulacji rybołówstwa i podnoszenia świadomości o ważności zachowania tych unikalnych morskich stworzeń.