"Podłoże" (substrate) to po prostu to, co kładziesz na dnie akwarium. Dla większości akwarystów rafowych piasek żywy (live sand) to wybór nr 1, ale może się używać rozdrobnionego koralowca, żwiru zamiast lub razem z piaskiem, albo budować plenuma pod podłożem. Niektórzy zostawiają dno gołe. Każde podejście ma zalety i wady.
Piasek żywy (Live Sand)
Sprzedawany w sklepach z rybami morskimi, droższy od innych podłoży. Pełen korzystnych bakterii – naturalne filtry zamieniające toksyczny amoniak w mniej szkodliwe azotany. Może domagać drobnych stworzeń (kopopody), które stają się pożywką dla mieszkańców akwarium. Łatwy do odsysania, naturalny wygląd. Większość doświadczonych akwarystów zaleca warstwę 1-2 cale, niektórzy "głęboki" piasek do 6 cali.
Rozdrobniony koralowiec (Crushed Coral)
Zdolność akwarium do utrzymania stabilnego pH to "buforowanie" (buffering capacity). Rozdrobniony koralowiec zwiększa buforowanie i alkalicznność, podnosząc pH. W akwarium rafowym najlepiej jako cienka warstwa na piasku żywym. Częste odsysanie żwirowym odsysaczem (gravel-vac) by uniknąć gromadzenia odchodów – zasady zapadają w szorstkim koralowcu.
Żwir lub piasek (Gravel or Sand)
Morski bezpieczny żwir/piasek może być w akwariach rafowych – na piasku żywym lub sam. Im mniejsze ziarno, tym lepiej – większa powierzchnia = więcej miejsca na bakterie. Żwir i piasek (nie-"żywy") często najtańsze podłoże.
Plenum
Niektórzy akwaryści chwalą "plenum" – przestrzeń między dnem akwarium a podłożem. Zazwyczaj kratka do jajek (egg crate) lub siatka 1-2 cale nad dnem. Cel: redukcja azotanów i zwiększenie przepływu powietrza. Bardzo niski tlen na dnie podłoża rozkłada azotany na tlenek azotu i azot, uwalniane do plenuma.
Gołe dno (Bare-Bottom)
Łatwe do odsysania, przepływ wody silniejszy niż z piaskiem/żwirem. Wymaga dużo kamieni żywych (live rock) na bakterie do filtracji biologicznej. Wielu uważa, że to daje nienaturalny wygląd rafy.