Podłoże to materiał na dnie akwarium, który pełni funkcje estetyczne (naturalny lub dekoracyjny wygląd) oraz praktyczne: siedlisko dla bakterii nitryfikujących, podnoszenie pH, gromadzenie zanieczyszczeń. Do akwarium morskich stosuje się głównie trzy rodzaje podłoża, każde z innymi zaletami.
Żwir
Żwir to najpopularniejsze podłoże w akwariach słodkowodnych, rzadko spotykany w morskich. Składa się z drobnych kamieni, przypominających dno rzek. Zalecany tylko do akwarium „tylko z rybami” z odpornymi gatunkami (np. klauny, damsel). Żwir daje małe korzyści chemiczne – głównie miejsce na bakterie. Nie podnosi pH ani nie Schaff siedliska dla kopepodów potrzebnych w zaawansowanych akwariach ryfowych.
Piasek aragoniowy
Często sprzedawany jako „piasek ryfowy”, dostępny w różnych frakcjach: od drobnego, proszkowatego (tzw. cukrowy) po grubszy. Zaleta: tworzy siedlisko do rozmnażania kopepodów, które karmią wymagane ryby ryfowe. Drobne ziarna – dla ryb przesiewających piasek (gobie, gwiazdy morskie, płaszczki). Grubsze ziarna – dla ryb żyjących w strefie środkowej i górnej wody.
Koralik drążony
Jeden z najczęstszych podłoży morskich, powstały z rozdrążonych resztek martwych koralików. Dostępny w wielu kolorach (od naturalnych po jaskrawe czerwone, zielone). Podnosi pH wody – kluczowe dla większości organizmów morskich (optymalne pH 8,1–8,5, znacznie wyżej niż w słodkowodnych 7,0).