Pingwiny z Galapagos występują wyłącznie na Wyspach Galapagos, ok. 1000 km na zachód od kontynentalnej Ekwadoru w Oceanie Spokojnym. Zamieszkują obszary przybrzeżne i skawiaste brzegy, zwłaszcza na wyspach Isabela, Fernandina, Floreana i Santiago.
Preferują płytkie wody i zatoczki z łagodnymi stokami, gdzie łatwo dostają się do pokarmu i gniazdują. Lokalny klimat zależy od prądów morskich, ale pingwiny te dobrze zaadaptowały się do unikalnych warunków wysp.