Woda z jeziora Wiktorii nie jest bezpieczna do picia bez uprzedniego oczyszczenia ze względu na zanieczyszczenia z różnych źródeł. Czynniki pogarszające jakość wody to:
Nietraktowane ścieki: Niewystarczająca infrastruktura sanitarna w społecznościach przy jeziorze powoduje, że surowa lub częściowo oczyszczona ścieki trafiają do jeziora.
Odplywy rolnicze: Nadmierne stosowanie nawozów i pestycydów w rolnictwie w okolicy zagraża jakości wody. Odpływy wnoszą zanieczyszczenia: azotany, fosforany, pestycydy, powodując eutrofizację i szkodliwe kwity glonów.
Odplywy miejskie: Nieukierunkowane odpływy miejskie z śmieciami, chemikaliami i zanieczyszczeniami wpadają do jeziora podczas deszczy, dalej pogarszając jakość wody.
Odpływy przemysłowe: Przemysły wokół jeziora uwalniają ścieki z potencjalnie szkodliwymi chemikaliami i metalami ciężkimi.
Praktyki rybackie: Nielegalne połowy rybackie przyczyniają się do spadku jakości wody, zakłócając siedliska i równowagę ekologiczną jeziora.
Woda z jeziora Wiktorii może zostać uzdolniona do picia przez odpowiednie procesy oczyszczania: filtrację, dezynfekcję, oczyszczanie. Gotowanie wody przed spożyciem to też powszechna metoda w okolicach jeziora. Społeczności i instytucje pracujące nad świadomością i rozwiązywaniem problemów jakości wody odgrywają kluczową rolę w poprawie stanu jeziora.