* Predators: Rekiny wielorybów mają niewiele drapieżników, ale czasami są one żerowane przez wieloryby zabójcze, wielkie białe rekiny i rekiny tygrysie.
* choroba: Rekiny wielorybów mogą cierpieć na różne choroby, w tym infekcje bakteryjne, infekcje wirusowe i inwazje pasożytnicze.
* utrata siedliska: Rekiny wielorybów polegają na zdrowych rafach koralowych i innych siedliskach morskich, aby przetrwać. Jednak siedliski te są coraz bardziej zagrożone działalnością człowieka, taką jak zanieczyszczenie, rozwój przybrzeżny i zmiany klimatu.