Królestwem z największą liczbą gatunków w pełni wodnych jest Protista. Zawiera różnorodne eukarioty mikroskopijne, z których wiele żyje w środowisku wodnym. Przykłady:
- Gleby (algi): organizmy zdolne do fotosyntezy, w morzach i wodach słodkich.
- Pierwotniaki (protozooa): jednokomórkowe heterotrofy, wiele gatunków wodnych.
- Pleśnie wodne (water molds): grzybopodobne, żywiące się materią organiczną w wodzie.
- Pleśnie śluzowe (slime molds): amibopodobne, poruszające się po substratach w wilgotnych miejscach.
- Okrzemki (diatoms): jednokomórkowe glony w oprawie krzemianowej, w ekosystemach morskich i słodkowodnych.