Oprócz pochłaniania tlenu skrzela pomagają również wydalić dwutlenek węgla, który jest produktem odpadów oddychania. Dwutlenek węgla jest uwalniany do wody, gdy krew przepływa przez włókna skrzelowe.
Skrzela pstrąga tęczowego są bardzo wydajne w pochłanianiu tlenu z wody. Wynika to z faktu, że włókna skrzelowe są bardzo cienkie, co pozwala na dużą powierzchnię wchłaniania tlenu. Naczynia krwionośne w włókien skrzelowych są również bardzo blisko powierzchni włókien, co pozwala na szybką rozpowszechnianie tlenu do krwi.